WES și CentoXome Mox în diagnosticul bolilor

WES în diagnosticul bolilor rare 

Tehnologie superioară cu acoperire clinică de neegalat și putere de diagnosticare într-un singur test

Când este recomandat WES?

Recomandăm WES pentru cazurile complexe și nediagnosticate cu suspiciune de cauze genetice.

WES este recomandat în mod convențional atunci când pacienții prezintă fenotip complex, eterogen, care sugerează afecțiuni multiple sau care sunt atipice. 

WES poate fi, de asemenea, recomandat atunci când un test genetic anterior nu a avut succes. Cele mai recente dovezi clinice susțin, de asemenea, WES ca test de primă intenție atunci când simptomele unui pacient sau istoricul familial sugerează o cauză genetică a bolilor. Acest lucru este valabil mai ales pentru tulburările de neurodezvoltare, inclusiv dizabilitățile intelectuale, întârzierea globală a dezvoltării și tulburarea din spectrul autismului din cauza randamentului ridicat al diagnosticului.

ACMG (Colegiul American de Genetică Medicală și Genomică) recomandă utilizarea secvențierii întregului exom/genom ca test de prima intenție pentru copiii cu dizabilități intelectuale, întârziere în dezvoltare sau anomalii congenitale multiple.

Rezultatele testelor WES pot duce, de asemenea, la diagnostice mai rapide, managementul corect al bolilor simptomatice, tratamente direcționate sau chiar să reducă utilizarea unor medicamente costisitoare sau proceduri invazive.

Recomandăm în special CentoXome pacienților atunci când:

• Simptomele sunt foarte variate, complexe sau nespecifice, fără a indica o boală specifică sau un fenotip tipic (de exemplu, pacienți cu întârziere în dezvoltare, dizabilități intelectuale, tulburări din spectrul autist, epilepsie, etc)
• Suspiciunea de dezechilibre cromozomiale, microdeleție sau sindroame de microduplicare (de exemplu, copii cu întârziere globală în dezvoltare și/sau anomalii congenitale multiple, sindromul DiGeorge)
• Suspiciunea clinică de boală mitocondrială (de exemplu, pacienți cu slăbiciune musculară, cardiomiopatie, tulburari de vedere cu debut în perioada neonatală sau copilărie, nou-născuți și sugari grav bolnavi în Unitățile de Terapie Intensivă Neonatală și Pediatrică)
• Testele genetice anterioare nu au oferit un diagnostic concludent (de exemplu, pacient cu întârziere a dezvoltării neurologice, cu frați afectați în mod similar și testare negativă cu microrețele)
• Aveți nevoie de o alternativă de preț la Secvențierea întregului genom (WGS)

WES oferă cele mai bune informații din categoria liderului și partenerului de încredere în diagnosticarea bolilor rare.

Atunci când aleg WES, medicii, pacienții și partenerii se pot simți încrezători că vor primi o secvențiere de înaltă calitate combinată cu cele mai bune analize și interpretare a datelor, documentate în rapoarte medicale cuprinzătoare. Combinând datele detaliate ale fenotipului cu datele genotipului utilizând reteaua noastră avansată de bioinformatică și inteligența artificială (AI), identificăm cu precizie și acordăm prioritate variantelor care cauzează boli pentru a oferi cea mai bună interpretare și raportare clinică din clasă.

CentoXome include întotdeauna raportări medicale bazate pe expertiza noastră în interpretarea clinică, cele mai bune date de variante organizate din categoria Bio/Databank și ghiduri internaționale privind cele mai bune practici. O echipă de geneticieni clinici cu înaltă pregătire și oameni de știință interpretează datele și verifică fiecare raport medical. Toate clasificările identificate în timp sunt de înaltă calitate și sunt organizate și codificate în Bio/Databank centrat pe bolile rare, fiind o referință pentru deciziile și clasificările de diagnostic. Această bază de date acoperă o gamă largă de etnii, date variante unice și date multiomice din peste 120 de țări.

Rapoartele de testare conțin întotdeauna rezultate clinice clare, recomandări și opțiuni de urmărire. Acestea sunt determinate de fenotip și se concentrează pe raportarea identificărilor în relație cu datele clinice ale pacientului (toate însumate reprezintă indicațiile de testare a pacientului).

Caracteristici și performanță

• Acoperire largă și uniformă a exomului și a genomului mitocondrial
• Adâncime medie ≥100 x
• Acoperire uniformă a întregului exom (~ 20.000 de gene), +/- 10 pb limite exon-intron și genom mitocondrial complet (37 de gene); cu ≥ 98,0% regiuni țintă acoperite la ≥20 x
• Acoperire îmbunătățită a regiunilor relevante din punct de vedere clinic
• ~8.000 de gene asociate bolii (OMIM®, HGMD®, Bio/Databank centrat pe boli rare de la CENTOGENE), cu ≥99,0% regiuni țintă acoperite la ≥20 x
• >99,0% din toate variantele cunoscute relevante din punct de vedere clinic în regiunile de codificare și necodificare (HGMD®, ClinVar, Bio/Databank centrat pe boli rare de la CENTOGENE)
• Detectare avansată și sensibilă a aproape toate tipurile de variante într-un singur test
• Detectarea foarte sensibilă și specifică a SNV, InDels, CNV a modificărilor la nivel de exon la nivel citogenomic, UPD* și variante de ADNmt cu heteroplasmie ≥15%

Sensibilitate

• SNV și InDels (≤55 bp) >99,6%
• CNV (≥3 exoni)** >95,0%
• Specificitatea >99,9% este garantată pentru toate variantele raportate***

SNV: variante ale unui singur nucleotid; InDel: mici inserții/deleții; CNV-uri: variații ale numărului de copii; UPD: disomie uniparentală; mtDNA: ADN mitocondrial
* Screeningul UPD este efectuat folosind un algoritm specific intern pentru următoarele regiuni cromozomiale bine-cunoscute relevante clinic: 6q24, 7, 11p15.5, 14q32, 15q11q13, 20q13 și 20
**Software-ul de detectare a CNV are o sensibilitate > 95,0% pentru toate delețiile homozigote/hemizigote/heterozigote și mitocondriale, precum și pentru delețiile/duplicațiile heterozigote și dublările homozigote/hemizigote care se întind pe cel puțin trei exoni consecutivi
***Variantele cu zigozitate de calitate scăzută și/sau neclară sunt confirmate prin metode ortogonale (adică, SNV și InDels prin secvențierea Sanger; CNV prin amplificare regiunilor specifice prin tehnica MLPA; reacție cantitativă în lanț a polimerazei, qPCR; sau microarray cromozomial, CMA )

CentoXome Mox în diagnosticul bolilor metabolice

Tehnologie superioară cu acoperire clinică de neegalat și putere de diagnosticare într-un singur test

Designul și serviciul CentoXome oferă calitatea și performanța ideală de la liderul mondial și partenerul de încredere în diagnosticarea bolilor rare, cu o acoperire clinică remarcabilă și o putere de diagnosticare clinică de neegalat într-un singur test. Îmbinând informațiile din Bio/Databank extins și unic centrat pe boli rare cu tehnologia omică superioară, pacienții și medicii beneficiază de o abordare unică care crește randamentul diagnosticului cu până la 20% în comparație cu rutina WES, prin acoperirea îmbunătățită a întregului exom, genomul mitocondrial și gene și variante cunoscute asociate clinic.

Cine ar trebui să ia în considerare testarea CentoMetabolic MOx?

Medicii care furnizează diagnostice și tratamente pacienților care îndeplinesc oricare dintre următoarele criterii:

• Tulburare metabolică suspectată
• Simptome nespecifice și bebeluși hipotoni
• Sugari cu letargie, dureri abdominale, vărsături, icter, acidoză metabolică
• Rezultate anormale ale screening-ului nou-născutului
• Întârziere în dezvoltare
• Sugari internați într-o unitate de terapie intensivă neonatală, în special din cauza epilepsiei de origine neclară și tulburări de conștiență
• Simptome legate de afecțiuni neurologice de etiologie necunoscută

Ce gene și tulburări sunt vizate?

CentoMetabolic vizează peste 200 de gene. Conținutul și designul panelului se bazează pe expertiza și cunoștințele noastre medicale îmbunătățite în mod continuu despre tulburările metabolice rare, inclusiv cele mai recente descoperiri medicale și interne.

Tabelul de mai jos arată distribuția genelor și a tulburărilor metabolice vizate pe baza a 18 categorii diferite de boli:

No	Tipuri de tulburări metabolice acoperite	gene*
1	Tulburări congenitale de glicozilare și alte tulburări de metabolizare a proteinelor	2
2	Defecte ale metabolismului colesterolului și lipoproteinelor	2
3	Defecte în biogeneza sau funcția hormonală	7
4	Tulburarea metabolismului fosfatului, calciului și vitaminei D	3
5	Tulburări în metabolismul purinelor, pirimidinelor și nucleotidelor	6
6	Tulburări în metabolismul oligoelementelor și metalelor	6
7	Tulburări în metabolismul vitaminelor și al cofactorilor (neproteici)	10
8	Tulburări ale metabolismului aminoacizilor și peptidelor	33
9	Tulburări ale metabolismului carbohidraților	35
10	Tulburări ale metabolismului energetic	6
11	Tulburări ale metabolismului acizilor grași și ai corpurilor cetonice	3
12	Tulburări ale metabolismului lipidelor și lipoproteinelor	8
13	Tulburări ale metabolismului neurotransmițătorilor	1
14	Tulburări ale metabolismului porfirinei și hemului	8
15	Tulburări ale metabolismului sterolilor	16
16	Tulburări lizozomale	48
17	Tulburări peroxizomale	16
18	Porfirie și bilirubinemie	1

*Datorită suprapunerii fenotipice, anumite gene sunt enumerate în mai multe categorii, deoarece sunt asociate cu mai multe tulburări.

Mergând dincolo de genetică – Ce biomarkeri și teste enzimatice sunt incluse?

Panelul CentoMetabolic MOx include biomarkeri și teste enzimatice pentru peste 20 de tulburări metabolice. Biomarkerii servesc ca indicatori măsurabili ai proceselor patologice. Ele sunt de obicei legate direct de variantele genetice din anumite gene și pot prezice, diagnostica, monitoriza și evalua severitatea unei boli. Măsurarea activității celulare a unei enzime poate fi folosită și ca instrument pentru diagnosticarea și monitorizarea unei boli, precum și eficacitatea tratamentului.

Abordările noastre multiomice bazate pe baze de date mari ne permit să descoperim în mod continuu noi biomarkeri foarte specifici și să dezvoltăm noi teste enzimatice. Orice biomarker nou și test biochimic relevant din punct de vedere clinic pentru tulburările metabolice va fi inclus în acest panel și reprezintă o oportunitate de a avansa înțelegerea tulburărilor metabolice, precum și de a dezvolta terapii mai bine adaptate pentru pacienți.

Testarea genetică poate ajuta la descoperirea cauzei simptomelor persistente, adesea debilitante, nediagnosticate la pacienții care suferă de tulburări metabolice suspectate. Baza noastră de date conține informații extinse despre variantele a peste 1.250 de gene legate de boli metabolice. Experiența noastră vastă în bolile metabolice vă poate ajuta să diagnosticați și să gestionați rapid și mai precis tulburarea metabolică a pacienților dumneavoastră. Testarea genetică poate oferi noi perspective asupra opțiunilor de tratament și poate prezice probabilitatea transmiterii bolii moștenite la copii. De asemenea, poate ajuta la identificarea altor membri ai familiei afectați și neafectați.

Caracteristici cheie și performanță

• Abordarea multiomică include testarea a peste 206 gene și peste 20 de enzime și biomarkeri asociate cu peste 180 de tulburări.
• Adâncime medie ~200x
• ≥ 99,5% regiuni vizate acoperite ≥ 20x
• Pentru fiecare genă, sunt acoperite toate variantele relevante din punct de vedere clinic descrise în HGMD® și Bio/Databank centrat pe boli rare, inclusiv variantele intronice și de reglare profunde
• Interpretare îmbunătățită – Informațiile clinice sunt esențiale, datele suplimentare sunt folosite la interogarea bazei de date, care conține date despre variante unice și date omice dintr-o gamă largă de etnii din peste 120 de țări, sunt folosite pentru a confirma rezultatele și a valida patogenitatea variantelor găsite.
• Detectare avansată și sensibilă a variantelor de secvență și deleții/duplicații
• Detectare foarte sensibilă și specifică a SNV, InDel și CNV

Sensibilitate

• SNV și InDel (≤55 bp) >99,5%
• CNV (≥3 exoni)* >95,0%
• Specificitatea >99,9 % este garantată pentru toate variantele raportate**
• Material CentoCard® (de preferat) și sânge
• TAT 15 zile lucrătoare

SNV: variante ale unui singur nucleotid; InDel: mici inserții/deleții; CNV-uri: variații ale numărului de copii; UPD: disomie uniparentală; mtDNA: ADN mitocondrial
*Software-ul de detectare a CNV are o sensibilitate > 95,0% pentru toate delețiile homozigote/hemizigote/heterozigote și mitocondriale, precum și pentru delețiile/duplicațiile heterozigote și dublările homozigote/hemizigote care se întind pe cel puțin trei exoni consecutivi
**Variantele cu zigozitate de calitate scăzută și/sau neclară sunt confirmate prin metode ortogonale (adică, SNV și InDels prin secvențierea Sanger; CNV prin amplificare regiunilor specifice prin tehnica MLPA; reacție cantitativă în lanț a polimerazei, qPCR; sau microarray cromozomial, CMA )